De Challenge Almere-Amsterdam begint met twee zwemrondes van 1,9 kilometer door het Weerwater. De start is naast de Schouwburg Almere aan de Esplanade in Almere Stad. Na de eerste ronde kom je het water uit op een ponton voor een ‘landlap’. De eerste wissel van het zwemmen naar het fietsen is op de Esplanade.
Het fietsparcours van de Challenge Almere-Amsterdam bestaat uit twee rondes van 90 kilometer. Je verlaat Almere over een aantal dreven en zet dan koers naar de Oostvaardersdijk richting Lelystad.
Hier zie je links van je het Markermeer met in de verte Amsterdam en aan je rechterhand de Oostvaardersplassen, een natuurgebied met diverse diersoorten. Voor Lelystad steek je de polder door over de bodem van de voormalige Zuiderzee totdat je uitkomt in Zeewolde. Dit jongste dorp van Nederland ontvangt je met alle plezier bij je doorkomst dwars door het dorp. Via het bos Horsterwold kom je uit op een typisch Nederlandse dijk met uitzicht over de hele polder en zijn vele windmolens. De doorkomst in Almere zal plaatsvinden aan de Zuidkant van het Weerwater, goed bereikbaar met boot, bus, auto en fiets.
Na terugkomst is Almere is ook de tweede wissel op de Esplanade in Almere Stad. Vanaf hier start je het loopparcours door de moderne architectuur van het centrum van Almere Stad. Centraal hierin staat het groen rond het Weerwater, het meer in het midden van Almere dat eens een zee was. Deze loopronde wordt vier keer afgelegd voordat je op de Esplanade zult finishen.